Restaurering av Mariakirken er det største og viktigste byggeprosjektet Akasia har gjennomført. Planlegging startet allerede i 2007 med eksterne rådgivere, men etter at byggearbeidene startet i januar 2010, har det meste av arbeidet vært ledet, planlagt og utført av Akasias medarbeidere. En del eksterne rådgivere og entreprenører har også vært i sving. På de fem og et halvt årene arbeidene har pågått har hele bygget - fra krypkjeller til spir - vært nøye gjennomgått. Konstruksjoner og bygningsdeler er restaurert, konservert og utbedret. All kirkekunst er ivaretatt av eksperter. Gammel sementpuss er erstattet av riktig kalkpuss. Ødelagt tømmer og treverk er skiftet ut. Ny takstein er lagt, kobbertekking, takrenner og nedløp er fornyet. Alt arbeid er utført i etter tradisjonelle håndverksmetoder og i tett samarbeid med Riksantikvaren.
Noen nye elementer er også tilført kirken. Det gamle orgelet er erstattet med et nytt og mer passende instrument. Kirkerommet har fått nye stoler og nye løpere. På loftet er det montert sprinkleranlegg, og sakristiet er innredet på nytt på en mer tjenlig måte. Utenfor kirken er Mariakirkegården oppgradert og er det lagt nye skiferheller.
Under gjenåpningen av kirken søndag 21. juni 2015 uttalte riksantikvaren blant annet følgende: «Takka vere alle dykk framstår no Mariakirken så praktfull som vi opplevde det i dag. Prosjektet og kyrkja er blitt eit førebilete for dei kyrkjelege fellesråda i landet som har ansvar for dei andre 150 mellomalderkyrkjene.»